论文查重软件的兼容性问题主要有两个方面：一是软件与操作系统的兼容性问题，二是软件与文本格式的兼容性问题。对于第一个问题，我们可以根据不同的操作系统选择不同版本的查重软件来解决。对于第二个问题，我们可以将文本格式转换成软件支持的格式，或者使用支持多种格式的查重软件。

此外，还有一些小的兼容性问题需要注意，比如查重软件对于特殊字符的处理、对于图片的处理等。在使用查重软件前，最好先了解一下软件的使用说明，避免出现兼容性问题。如果遇到了兼容性问题，可以联系软件厂商或者相关技术人员寻求帮助。总之，论文查重软件的兼容性问题并不是不可解决的，只要我们了解问题的本质，采取正确的解决方法，就能够顺利使用查重软件。