万方查重和知网查重是两种常用的学术查重工具。万方查重主要针对学术期刊、论文等文献进行查重，其算法和数据库来源较为独立，准确率较高。知网查重则是以知网数据库为基础，覆盖范围更广，包括期刊、学位论文、会议论文等。用户在选择使用时可以根据具体需求来决定，若需求更专业化，可选择万方查重；若需求更全面，可选择知网查重。

在使用上，万方查重通常需要用户购买使用权限，费用相对较高，但服务质量有保障。而知网查重则有部分免费查重功能，用户可以免费试用一定次数。另外，两者的查重速度也有所不同，用户可以根据自己的时间安排来选择合适的工具。总的来说，万方查重更专业、精准，适合有特定需求的用户；知网查重更全面、便捷，适合一般性的查重需求。