知网查重目录重复的原因主要包括：1.文献引用重复：在撰写论文过程中，可能会因为疏忽或者错误，多次引用同一篇文献，导致查重结果出现目录重复；2.格式错误：文献引用格式不规范或者不一致，也会被查重系统认定为目录重复；3.论文结构重复：论文结构过于相似，段落顺序、内容重复，容易被查重系统检测出目录重复。要避免知网查重目录重复，需要仔细审查文献引用、规范格式、确保论文结构独特性。

针对知网查重目录重复问题，可以采取以下解决方法：1.仔细审查文献引用：确保每次引用文献都是必要且合理的，避免重复引用；2.规范文献引用格式：统一使用规范的引用格式，避免格式错误导致目录重复；3.优化论文结构：合理安排论文结构，确保内容独特性，避免段落、内容重复。通过以上方法，可以有效避免知网查重目录重复问题，提高论文质量，提升查重通过率。